Las infecciones recurrentes de las amígdalas pueden estar vinculadas  con riesgos vasculares y relacionadas con el drenaje linfático. Se pueden complicar con otras infecciones como celulitis o absceso periamigdalino el cual se caracteriza por la recolección de pus en el espacio entre la amígdala palatina y el musculo constrictor superior, pudiendo ser una complicación fatal;  sinusitis, infecciones del oído medio e incluso llegar a producir meningitis o absceso cerebral.

Puede conllevar a alteraciones renales como lo es la glomerulonefritis  o la fiebre reumática.